Первые сведения о существовании христианства в Албании относятся к III веку. Однако первая епископская кафедра Албанской Церкви учреждена в X веке благодаря миссионерским трудам учеников святых братьев Кирилла и Мефодия — Климента (+916) и Наума (+910).

С конца IX века Албанская Церковь находилась в юрисдикции Болгарской Православной Церкви. С 1767 года она была подчинена Константинопольскому Патриарху. В 1926 году Албанской Православной Церкви была дарована автономия, 12 апреля 1937 года — автокефалия.

При коммунистическом режиме Энвера Ходжи Албанская Православная Церковь наряду с другими конфессиями подверглась жестоким гонениям. Возрождение началось в 1991 году, когда Константинопольский Патриархат поставил для Албанской Церкви епископов и назначил Предстоятеля.

Каноническая территория — Албания. Основная масса прихожан проживает в южных районах страны (в центре и на севере преобладает ислам). В богослужении используется албанский, греческий и арумынский (влахский) языки.

Возглавляющий ныне Албанскую Церковь 4-й ее Предстоятель Блаженнейший Архиепископ Анастасий (Яннулатос) родился 4 ноября 1929 года в Греции. 19 ноября 1972 года он был хиротонисан во епископа Андрусского.

Избрание Блаженнейшего Анастасия Предстоятелем Албанской Православной Церкви состоялось 24 июня 1992 года, чин интронизации был совершен 2 августа того же года.
Титул Предстоятеля: Блаженнейший Архиепископ Тиранский и всей Албании, Митрополит Тирано-Дуррес-Елвасанский.

Резиденция Предстоятеля находится в Тиране.