Согласно принятому наукой преданию, в память крещения Руси и низвержения языческого идола Перуна первым Митрополитом Киевским Михаилом было основано два храма-монастыря, и оба были названы Михайловскими: Златоверхо-Михайловский и Выдубицкий. Летопись же сообщает, что в 1070 году великий князь Всеволод Ярославич заложил церковь св. Михаила в «монастыри Всеволожи на Выдобичи». Есть и другие указания на то, что возле Выдубицкого храма уже существовал монастырь во имя св. Михаила. Необходимо заметить, что все древнейшие киевские монастыри были подземными, и только впоследствии, с увеличением числа насельников, они «выходили из-под земли». Исходя из этого и принимая во внимание географическое расположение описываемой местности, этот старый монастырь не мог быть расположен нигде, кроме обнаруженных Зверинецких пещер с сохранившимся в них пещерным монастырским храмом.

Имен почившей братии пещерного монастыря исторические документы до нас не донесли. Так бы их никто и не узнал, если бы не сохранившиеся на глиняном грунте пещерных проходов надписи и начертанный над жертвенником пещерного алтаря уникальный синодик, состоящий из восьми имен зверинецких игуменов.

Первым игуменом и, видимо, устроителем монастыря был некто Леонтий. Большинство историков склонно отождествлять его личность со святителем Леонтием Ростовским, славным подвижником начала XI в. Последующими игуменами Зверинецкого монастыря были Маркиан, Михаил (в последствии епископ Юриевский), Софроний, Мина (в последствии епископ Полоцкий), Климент, Мануил и Лазарь.

Кроме упомянутых в алтарном синодике имен зверинецких игуменов сохранились также надписи над нишами-усыпальницами Феодора Калики, Андроника Печерника и Иоанна.

Какие же причины способствовали тогда забвению этой обители, которая даже и с возникновением надземного, более удобного и богатого монастыря, не должна была все же потерять свое значение, хотя бы как исполнившая уже свою спасительную роль святыня?

По мнению историков И. М. Каманина и Н. В. Архангельского, причина гибели пещер состояла в разорении монастыря во время одного из многочисленных набегов половцев или татар, которые опустошали в то время Русскую землю. Исходя из размещения человеческих останков вдоль пещерного прохода, а также учитывая тот факт, что наибольшее их число было обнаружено вдоль выхода, можно предположить, что во время одного из таких набегов братия с целью укрытия спустилась в пещеры. Напавшие на Киев враги могли заметить, куда скрылись преследуемые; ввиду узости пещер, два-три человека могли долго отражать нападение врагов; последние, потеряв надежду взять преследуемых живыми, засыпали пещеры так сильно, что спасавшиеся в них иноки монастыря оказались заживо погребенными. Умирая, они падали там, где теряли последние силы. Доказательством этого служат найденные в разных местах на полу пещер одиночные скелеты и множество скелетов в келии при входе, куда, по видимому, собрались в предсмертную минуту погибающие и потом падавшие друг на друга в разных направлениях. Число погибших, судя по останкам, едва ли превышало два-три десятка. Заживо погребенные погибали и от голода, и от жажды, и от недостатка воздуха медленной мучительной смертью.

Так окончил свое бытие Зверинецкий пещерный монастырь, просуществовав немногим более одного столетия и не оставив о себе памяти в потомстве, вследствие безвременности своей гибели и молчания о том летописи.

Но не попустил Бог навеки сокрыть от людей эту древнюю святыню. Практически сразу после открытия Зверинецких пещер в 1888 году это место стало притягивать к себе огромное множество верующих. Сюда шли «труждающиеся и обремененные» со всех концов тогдашней России. Первому игумену Зверинецкого скита, отцу Валентину, безвозмездно помогали люди разных возрастов и сословий. Ежедневных посетителей исчисляли десятками и сотнями. Этот факт не мог не отразится на церковном почитании древних насельников Зверинецкого монастыря. Сохранились упоминания о зверинецких преподобных как о месточтимых киевских святых. Очевидно, их широкое церковное почитание началось после 23 апреля 1914 года, когда торжественным Крестным ходом с огромным стечением народа и духовенства переносился из Киево-Печерской Лавры напрестольный крест и драгоценная икона Спаса Вседержителя, пожалованные Его Императорским Величеством церкви-скиту над новооткрытыми Киево-Зверинецкими пещерами. В этой же церкви хранилась икона преподобного Сергия Радонежского, подаренная преподобномученицей Великой Княгиней Елисаветой Федоровной Зверинецким пещерам.

С пещерами неразрывно связана судьба князя Владимира Жевахова, впоследствие священномученика Иоасафа. Монашеский постриг он принял в надпещерном храме Зверинецких пещер. Его мученический путь завершился расстрелом в 1937 году.

Украшен венцом мученичества и последний настоятель Зверинецкого скита — Архимандрит Филарет (Кочубей), погибший от рук безбожников в 1933 году.

В 1934 году Зверинецким пещерам предстояло пережить еще одну катастрофу. Зверинецкий скит был разрушен, и пещеры стали нещадно разворовываться новыми посетителями. Только чудом можно назвать то, что, претерпев зловещие «безбожные пятилетки», очутившись в центре боевых действий во время Великой Отечественной войны, уцелев от многочисленных многоэтажных застроек новейшего периода истории Киева, которые вплотную приблизились к этому древнему памятнику, Зверинецкие пещеры сохранились до наших дней.

Господь сберег для нашего поколения бесценные мощи Зверинецких подвижников, которые, как и в начале прошлого столетия, притягивают к себе множество верующих людей. Многие, посетив Зверинецкие пещеры однажды, стремятся вновь приехать, чтобы помолиться в этом святом месте. Многие прихожане и паломники могут засвидетельствовать чудо: некоторые мощи издают приятное благоухание, а другие стали равномерно покрываться маслянистой жидкостью, пролежав до этого многие годы в совершенно сухом состоянии.

В 1993 году на кафедре рентгенорадиологии Киевского медицинского института были проведены исследования мощей, находящихся в Зверинецких пещерах. Эти исследования подтвердили древность произведенных в пещерах захоронений, относя их приблизительно к Х-ХІІ векам. Кроме того, было показано, что все люди, чьи мощи сохранились в Зверинецком пещерном монастыре, при жизни страдали заболеваниями, которые поражают организм в условиях высокой сырости и холода. Этот факт еще раз говорит о самоотверженности и аскетизме древних насельников Зверинецких пещер, которые, стремясь покорить плоть духу, умерщвляли свое тело различными подвигами в непоколебимой надежде воскреснуть для славной жизни в Царствии Небесном.

К сожалению, многие страницы из истории древнего пещерного монастыря святого Михаила на Зверинецкой горе и поныне остаются для нас сокрыты. Но даже и те отголоски подвига его древних насельников, которые сквозь века донесли до наших дней Зверинецкие пещеры, слагают в душах взирающих на них верующих людей чувство глубокого и благоговейного трепета перед святостью жизни тех, чьи мощи хранит это святое место.

Молитвами сонма преподобных и мучеников, очистивших свои души подобно золоту в горниле в убогих пещерах древнего Зверинецкого монастыря, Господь да очистит нашу землю от греховной скверны и утвердит на ней Святую Православную Веру непоколебимо от всяких ересей и расколов во век века.