Храм был основан в начале 50-х годов, православные христиане молились дома, а для совершения таинств и обрядов выезжали в ближайшие города, где были храмы. С 1990 года верующие люди по благословению архиепископа Льва стали хлопотать об образовании прихода. В 1991 году получили помещение, которое отремонтировали и приспособили для совершения богослужений. На общем собрании постановили наименовать образовавшийся молитвенный дом, а в будущем храм, в честь преподобного Сергия Радонежского Чудотворца.

В марте 1991 года архиепископ Владимир направил письмо в исполком горсовета города Навои о необходимости строительства православного храма. В ноябре было принято решение, об его проектировании и строительстве.

16 января 1994 года архиепископ Владимир освятил место будущей церкви и заложил первый камень. Закладка первого камняСтроительство храма было завершено ко дню независимости Узбекистана 2001 года. Освящение храма совершенно 30 мая 2002 г., митрополитом Ташкентским и Среднеазиатским Владимиром в присутствии и сослужении духовенства: Ташкента, Самарканда, Зарафшана, Учкудука, Кагана, Навои. Присутствовали: руководство НГМК, области, города, многие из них были удостоены высоких церковных наград: ордена, медали, почетные грамоты за помощь в постройке храма.

Первым настоятелем молитвенного дома, а затем храма с 1991г. по 2001г. был иерей Сергий Лёвкин.
С 25 октября 2001г. настоятелем храма, по настоящее время, является иерей Леонид Козин.

В сентябре 2004г. храм передан на баланс Ташкентской и Среднеазиатской Епархии, постановление Кабинета Министров Р.У. за № 415-Ф от 30 июня 2004г. «О безвозмездной передаче комплекса РПЦ г.Навои» в бессрочное пользование. Имеется фотоальбом, свидетельствующий об истории строительства храма и жизни прихода.

Храм к настоящему времени украсился фасадными иконами (мраморное панно): Спас Нерукотворный, Троица, Воскресение Христово, Покров Богородицы.
Алтарь украшен написанными иконами 170х80: Богородица, Предтеча, св. ап. Петр, св. ап. Павел, св. ап. Андрей Первозванный, св. ап. Фома, прп. Сергий Р., свт. Николай. Сделано резное седалище на горнее место. Все храмовые иконы украшены резными киотами. Устроен пруд на территории храма.