Эстонская Православная Церковь Московского Патриархата (ЭПЦ МП) получила право самоуправления томосом свт. Тихона, Патриарха Всероссийского, в 1920 г., что было подтверждено томосом Патриарха Алексия II в 1993 г.

Высшим органом, при содействии которого Предстоятель ЭПЦ МП управляет Церковью, является Дата создания: 920 г.

Собор ЭПЦ МП. Собор осуществляет высшую законодательную, административную и контролирующую власть. Членами Собора является все духовенство ЭПЦ МП (исключая заштатных и запрещенных в служении), а также по одному представителю от мирян, избираемых от каждого прихода. Собор созывается не реже одного раза в год.

В период между сессиями Собора Предстоятель ЭПЦ МП управляет ЭПЦ МП при содействии Синода ЭПЦ МП, состоящего из Предстоятеля ЭПЦ МП, викарного архиерея (если есть), а также четырех клириков и двух мирян, избираемых Собором на 3 года.

Предстоятель ЭПЦ МП является председателем Синода и созывает Синод по мере необходимости.