Семена христианства проникли в низовья Дуная вместе с римскими колонистами Ι-ΙΙΙ вв. До V века епископы Дакии находились в ведении архиепископа Сирмийского, подлежавшего юрисдикции Рима; с VI века — в юрисдикции Первой Юстинианы; с VIII века — Константинополя.

В XII-XIII вв. земли от Днестра до Дуная и Серета находились под контролем Галицкого княжества, являвшегося частью Руси.

К концу XIV в. после образования Молдавского княжества, включавшего Пруто-Днестровское междуречье, была учреждена Молдавская митрополия в составе Константинопольского Патриархата на правах автономии (фактически — полной независимости).

В результате русско-турецких войн XVIII в. православные валахи и молдаване вошли под покровительство Российской Империи.

В 1813 г. на территории Бессарабии, отошедшей к России, была основана Кишиневская епархия в составе Русской Церкви. Начался подъем национальной культурной жизни, организована система религиозного и светского образования. К 1858 г. действовало около 400 школ, обучалось более 12 тысяч человек.

В 1918 г. после оккупации Бессарабии Румынией Кишиневская епархия была антиканонически включена в состав Румынской Церкви («Бессарабская митрополия». Действовала также во время войны 1941-1944 гг.).

С 1944 г. — снова в составе Русской Православной Церкви.

В 1992 г. в связи с образованием независимой Республики Молдовы решением Священного Синода Русской Православной Церкви Православная Церковь Молдовы получила статус самоуправляемой. Осуществляет свою деятельность на основе томоса Патриарха Алексия II от 2 декабря 1994 г. В соответствии с Уставом Русской Православной Церкви (гл. VIII) органами церковной власти и управления Православной Церкви Молдовы являются Собор и Синод, возглавляемые ее Предстоятелем.

Вплоть до XVI века книжным языком Молдавии был славянский. В настоящее время основным богослужебным языком является молдавский; используются также церковно-славянский и гагаузский языки.