Основание этой Церкви положено валаамскими иноками-миссионерами, прибывшими на остров Кадьяк в 1794 г. по определению Святейшего Синода Русской Церкви о назначении в Аляску православной миссии.

Один из иноков — иеромонах Ювеналий в 1795 г. запечатлел свое свидетельство о Христе мученической кончиной. Другой — ныне прославленный Американской и Русской Церквами старец Герман (+1837) более сорока лет успешно продолжал миссионерское делание в Америке.

В 1840 г. была учреждена епархия Камчатская, Курильская и Алеутская, на которую был хиротонисан апостол Америки Преосвященный Иннокентий (Вениаминов) (+1879). В конце XIX века и начале XX православную паству в Америке окормлял архиепископ Тихон, впоследствии Святейший Патриарх Московский и всея Руси (+1925). При нем в Нью-Йорке был построен храм во имя Святителя Николая, освященный в 1905 г.

Православная Церковь в Америке получила автокефалию от Матери-Церкви Русской 10 апреля 1970 г.

Каноническая территория — США; юрисдикция Православной Церкви в Америке распространяется также на некоторые приходы в Канаде, Мексике и Южной Америке.

С 12 ноября 2008 г. по 7 июля 2012 г. Предстоятелем Православной Церкви в Америке являлся Митрополит Иона, бывший Архиепископ Вашингтонский, Митрополит всей Америки и Канады.

Решением Священного Архиерейского Синода от 9 июля 2012 г. Местоблюстителем Православной Церкви в Америке назначен старший по хиротонии член Синода Высокопреосвященный Нафанаил, архиепископ Детройтский, управляющий Румынской епископией. Администратором Православной Церкви в Америке назначен Преосвященный Михаил, епископ Нью-Йоркский и Нью-Джерсийский.

13 ноября 2012 г. открывшийся в городе Парма (штат Огайо) XVII Всеамериканский Собор избрал шестым Предстоятелем Православной Церкви в Америке Высокопреосвященнейшего Тихона, архиепископа Филадельфийского и Восточной Пенсильвании.