Возникла в начале 1920-х годов как русская православная эмигрантская церковная организация, которая объединяла большую часть духовенства Православной Российской Церкви, оказавшегося вследствие революции 1917 года в России и гражданской войны в изгнании и эмиграции. Окончательно вышла из административного подчинения «московской церковной власти» после издания митрополитом Сергием (Страгородским) «Декларации» от 29 июля 1927 года, отвергнув «Декларацию» и провозгласив эту власть несвободной в своих решениях в условиях атеистических и политических гонений на Церковь и находящейся в порабощении у большевистского режима.

В Советском Союзе рассматривалась властями и официальной пропагандой как контрреволюционная, антисоветская монархическая «эмигрантская религиозно-политическая группировка»; в литературе Московского Патриархата до начала 2000-х часто именовалась «карловацким расколом».

17 мая 2007 в московском Храме Христа Спасителя Патриарх Московский Алексий II и Первоиерарх РПЦЗ митрополит Лавр подписали Акт о каноническом общении, гласящий, что «Русская Православная Церковь Заграницей <…> пребывает неотъемлемой самоуправляемой частью Поместной Русской Православной Церкви» (п. 1 Акта).

Принятые 27 июня 2008 года Архиерейским Собором РПЦ поправки к Уставу РПЦ (от 2000 года) определяют РПЦЗ как одну из самоуправляемых Церквей Московского Патриархата.