Церковь Варлаама Хутынского построена 1780 году на средства купца Узденникова вместо старой каменной церкви. Названа в честь основателя и игумена Спасо-Преображенского Хутынского монастыря Варлаама Хутынского. Изначально храм находился на территории Ильинского монастыря. Монастырь был небольшим и небогатым, в 1613 году, во время вологодского разгрома, подвергся разорению, при этом старая тёплая церковь Варлаама Хутынского была сожжена. Купец Кондратий Акишев, на средства которого обустраивалась обитель с 1610 года, вновь способствовал ремонту обители.
