Святыни храма
3 святыни
Св. мощи свт. Филарета (Дроздова), митр. Московского и Коломенского
Святые мощи святителя Филарета (Дроздова), митрополита Московкого и Коломенского доступны для поклонения в Свято- Филаретовском храме при Алматинской Православной Духовной Семинарии.
Ковчег с мощами святителя Филарета Московского находится в храме. В 1994 году Архиерейским собором Русской Церкви святитель Филарет был причислен к лику святых; память святителя совершается 19 ноября по новому стилю.
В 1997 г. Высокопреосвященным архиепископом Алексием храму была подарена частица мощей небесного покровителя Духовного училища - святителя Филарета.
В 2012 году по благословению главы Митрополичьего Округа в Республике Казахстан Высокопреосвященнейшего митрополита Астанайского и Казахстанского Александра для частицы мощей была изготовлен новый ковчег.
Частица мощей святителя Филарета поныне пребывает в Свято- Филаретовском храме при Алматинской Православной Духовной Семинарии и является главной его святыней.
Св. мощи свт. Иннокентия, еп. Иркутского
Икона с частицей мощей святителя Иннокентия Иркутского доступна для поклонения и паломничества верующих в храме во имя свт. Филарета Московского при Алматинской Православной Духовной Семинарии г. Алматы. (См. паломничество к православным святыням Казахстана).
Св. мощи сщмч. иерея Виссариона (Селинина)
Икона с частицей мощей священномученика Виссариона, пресвитера Урджарского доступна для поклонения и паломничества верующих в храме во имя свт. Филарета Московского при Алматинской Православной Духовной Семинарии г. Алматы. (См. паломничество к православным святыням Казахстана).