Свое начало история епархии берет от проповеди и насаждения Слова Божия в умы зырян-язычников Святителем Стефаном, епископом Великопермским на Коми земле во второй половине XIV века. Монах Ростовского Григорьевского монастыря Стефан, сын соборного Устюжского причетника, воспламенился ревностью быть апостолом этих идолопоклонников. Чтобы лучше исполнить добровольно принятый на себя апостольский подвиг, он сначала изучил язык зырян, составил для него азбуку и перевел несколько важнейших богослужебных книг. Взяв в Москве благословение у Коломенского епископа Герасима и получив от великого князя Дмитрия Иоанновича Донского охранную грамоту, св. Стефан отправился в Пермь Вычегодскую для проповеди. Достигнув Пермской земли (1376), он остановился в первом зырянском селении Пырас (Котлас) в 20 верстах от Сольвычегодска. Услышав проповедь о истинной вере на родном языке многие крестились, но и многие негодовали на св. Стефана, желая его убить. Св. Стефан перенес свою проповедь с устья Вычегды в устье Выми, самый центр зырянского края. Там была создана первая церковь Благовещения Пресвятой Богородицы. Соборный Благовещенский храм был поставлен на насыпном холме, укрепленном рвом и валом с деревянной стеной. На соседнем холме была построена монастырская Михаило-Архангельская церковь. По образовании Пермской епархии там был устроен монастырь, в котором пребывали Велико-Пермское архиереи. Неутомимо заботясь о духовном преуспеянии юной паствы, св. Стефан учредил при церкви училище, в котором сам был первым наставником, учил юношество часослову, псалтири и прочим церковным книгам, переведенным на зырянский язык. За короткое время св. Стефан обратил к Христу всех жителей от Пыраса до Гама. После семи лет проповеди св. Стефан отправился в Москву (1383) просить великого князя и митрополита, чтобы дали епископа новопросвещенному Пермскому народу. Митрополит Пимен вместе с освященным Собором за апостольские труды хиротонисал во епископа самого проповедника, а велики князь, удостоив его милостями, с богатыми дарами отправил в новую епархию. Так была создана восемнадцатая по счету в Русской Церкви Пермская епископия с центром во «владычном городе» Усть-Выми. По прибытии к своей пастве, святитель, имея по сану благодать и право посвящать других для совершения таинств, поставил избраннейших из зырян во иереи и диаконы. В течение тринадцати лет своего сподвижничества в епископском сане, св. Стефан заслужил вполне имя отца и благодетеля народа пермского: помогал в нуждах, снабжал жизненными припасами, защищал от притеснения вогуличей, новгородской вольницы и чиновников великокняжеских просил об уменьшении налогов, был их неусыпным стражем и миротворцем. Он учредил в своей митрополии несколько церквей с училищем при каждой и основал пять монастырей – два в Яренском уезде: Усть-Вымский и Архангельский и три в Усть-Сысольском: Вотчинский, Печорский и Ульяновский. Четырех первых и следов не осталось, а последний через несколько веков был выведен из ничтожества и запустения в благоустроенную обитель. Умер свт. Стефан Пермский во время одной из своих частых поездок в Москве 26 апреля 1396 года и похоронен у церкви Спаса на Бору. К лику святых причислен в 1547 году.