Вінницька єпархія, як самостійна, була заснована 7 вересня 1933 р. І першим архієреєм на Вінницькій кафедрі був священномученик Олександр (Петровський). У 1934 р. він був членом Тимчасового Патріаршого Священного Синоду при Заступнику Патріаршого Місцеблюстителя митр. Сергії (Страгородському).З травня 1937 року владика Олександр був переведений з Вінниці й очолив Харківську єпархію, де рівно через три роки в Холодногорській тюрмі закінчилось його земне життя. Пам'ять священномученика Олександра 11/24 травня, мощі його знаходяться у Харкові у Свято-Благовіщенському соборі. Єпископа Олександра 23 березня 1937 р. змінив священномученик архієпископ Інокентій (Тихонов), який перед цим вже неодноразово був у засланнях та тюрмах. 29 жовтня він був арештований, а у листопаді розстріляний у Вінниці. 4 жовтня 1994 р. указом Священного Синоду УПЦ Вінницьку і Брацлавську єпархію було розділено на Вінницьку і Могилів-Подільську, з центром у м. Вінниця, та Тульчинську і Брацлавську з центром у м. Тульчин.

До 1793 року православні Поділля зазнавали жорстоких гонінь з боку влади Речі Посполитої, яка ставила за мету знищення Православної Церкви на своїй території та тотального окатоличування населення шляхом унії. Після приєднання Правобережжя до складу Росiї, 13 квiтня 1793 р. на територiї Мiнської, Iзяславської та Брацлавської губернiй була створена нова єпархiя. 15 травня того ж року її очолив архієпископ Вiктор (Садковський). Перед цим призначенням владику Віктора за активну проповідь Православ’я на території Польщі було заарештовано та ув’язнено в Ченстоховській фортеці. Лише через три роки, завдяки енергійному втручанню російської дипломатії, його було звільнено.

Внаслідок того, що тiльки в однiй Брацлавськiй губернiї у 1795 році було тисяча чотириста сорок двi церкви, імператриця Катерина II розпорядилася заснувати на Подiллi самостiйну єпархiю з назвою "Брацлавської i Подiльської". Тоді ж єпископом Брацлавським i Подiльським було призначено архiмандрита ставропiгального Донського монастиря Iоанникiя (Нікіфоровича-Полонського). Спочатку резиденцiєю нового єпископа був Шаргород, а згодом – Кам’янець-Подiльський. Він заснував консисторiю i створив 13 духовних правлiнь. Серед iнших було започатковано й вінницьке, якому було пiдпорядковано 143 православнi храми. Пiсля створення духовних правлiнь єпископ Iоанникiй, для зручностi в управлінні єпархією, вирiшив подiлити її на благочиннi округи й запровадити особливу духовну посаду – благочинних, якi мали здійснювати безпосереднє керівництво низовим духовенством. Обранi благочиннi були представлені єпископу Іоанникію, якому принесли присягу та отримали інструкції щодо діяльності на новiй посадi.

9 травня 1836 року Святійший Синод звернувся до Государя Імператора Миколая Павловича з доповіддю, в якій зазначив, що архієрей Подільської єпархії потребує допомоги вікарного єпископа внаслідок великої кількості церков, яких, до речі, було 1512, багаточисельності учнів духовних училищ та, загалом, безлічі справ, пов’язаних з керуванням єпархією. Відповідь була позитивною, новопризначений вікарний єпископ отримав титул Вінницького, а місцеперебуванням його став Шаргородський Миколаївський монастир. У 1861 році Вінницьке вікаріатство скасовується, а замість нього утворюється Балтське з місцеперебуванням вікарного архієрея у Кам’янець-Подільському Свято-Троїцькому монастирі. Проте, з 1904 року Вінницьке вікаріатство відновлюється.

З серпня 1918 р. Вінницькі єпископи, вікарії Подільської єпархії, починають мешкати у Вінниці. Саме тоді патрiарх Тихон та Священний Синод постановили: "Ректорові Київської Духовної Академії архiмандриту Амвросiю (Полянському) бути єпископом Вiнницьким. Мiсцепроживання єпископу Винницькому мати в м. Вiнниця". 21(22) жовтня 1918 р. в Софiйському соборi м. Києва відбулась хiротонiя во єпископи архімандрита Амвросiя. Жовтнева революція розпочала чергову епоху жорстоких гонінь, які явили світу сотні тисяч, а точніше мільйони прикладів справного стояння за віру. У 1932 році владика помер у засланні, не витримавши знущань Радянської влади. Через 82 роки після хіротонії, у серпні 2000 р., на Ювілейному Архієрейському соборі він буде причислений до лику святих Новомучеників та Сповідників для загальноцерковного вшанування.

Вінницька єпархія, вже як самостійна, була заснована 7 вересня 1933 р. І першим архієреєм на Вінницькій кафедрі був священномученик Олександр (Петровський). У 1934 р. він був членом Тимчасового Патріаршого Священного Синоду при Заступнику Патріаршого Місцеблюстителя митр. Сергії (Страгородському).З травня 1937 року владика Олександр був переведений з Вінниці й очолив Харківську єпархію, де рівно через три роки в Холодногорській тюрмі закінчилось його земне життя. Пам'ять священномученика Олександра 11/24 травня, мощі його знаходяться у Харкові у Свято-Благовіщенському соборі. Єпископа Олександра 23 березня 1937 р. змінив священномученик архієпископ Інокентій (Тихонов), який перед цим вже неодноразово був у засланнях та тюрмах. 29 жовтня він був арештований, а у листопаді розстріляний у Вінниці.

У роки окупацiї на Українi дiяла Автономна Українська Православна Церква на чолi з митрополитом-екзархом Олексiєм (Громадським). Вона була створена на соборi у Почаївському монастирi в серпнi 1941р. й не перервала канонічного зв’язку з Патріархією. На соборi було постановлено, що возносити iм’я митрополита Сергiя Московського буде тiльки глава Церкви, всi ж iншi єпископи i священнослужителi будуть возносити тiльки iм’я митрополита Олексiя. Більша частина духовенства Автономної Української Православної Церкви була налаштована патріотично, священики часто надавали допомогу партизанам. Митрополит Олексiй призначив на Вінницьку кафедру єпископа Євлогія (Марковського).

У березні 1944 р. у Вінницькій єпархії. діяли 839 церковних громад, 4 жіночих монастиря, (з яких до 1955 р. залишилися тільки два — Браїлівський і Барський, на парафіях служили 405 священнослужителів. З 13 травня 1945 року по 3 січня 1946 року Вінницьку кафедру очолив єпископа Варлаам (Борисевич). Постійною турботою владики Варлаама було забезпечення приходів духовенством. Не дивлячись на складні часи ним були організовані православні курси, на які в 1945-46 роках було прийнято 40 осіб. Якщо під час окупації церковним громадам повертались храми, що належали їм раніше, то з березня 1944 р. їх знову стали відбирати і передавати під школи, клуби, склади тощо. Гоніння посилилися в 60-х роках. У 1961 р. число парафій у єпархії скоротилося з 513 до 425. У наступному році – до 384. У 1962 р. у Вінниці був закритий кафедральний Спасо-Преображенський собор, після чого функції кафедрального виконував собор Різдва Пресвятої Богородиці. На початок 1970р. в єпархії залишалося 337 парафій, на яких служили 151 священик і 2 диякони. Серед вищезгаданих видатних ієрархів, які служили на Вінницькій кафедрі треба відзначити архієпископа Симона (Івановського), матеріали до канонізації якого зараз готуються. Його служіння на Вінницькій кафедрі тривало з 1955 р. по 1961 р. Наступником архієпископа Симона став архієпископ Іосаф (Лелюхин), який після Вінниці був призначений на Київську кафедру і очолив Православну Церкву в Україні.

1986-1987 рр. можна вважати зворотним моментом у становищі релiгiї та вiруючих в СРСР, адже з 1987 р. атеїзм вже не наступає, а, швидше, обороняється. Розпочалась всебiчна криза радянської системи.

Кінець 80-х – початок 90-х років ознаменувалися активним ростом кількості парафій у єпархії. У 1988 р. Вінницька єпархія брала активну участь у загальноцерковних торжествах з нагоди 1000-річчя Хрещення Русі. У 1990 р. Церкві було повернено Спасо-Преображенський храм, який знову став кафедральним собором Вінницьких архієреїв. Відновлення церковного життя після розпаду СРСР й до цього часу пов’язано з іменами митрополитів Вінницьких Агафангела (Саввина) та Макарія (Свистуна) та єпископа Пантелеймона (Бащука), вікарія Вінницької єпархії. Число приходів до 1994 р. досягло 561. 4 жовтня 1994 р. указом Священного Синоду УПЦ Вінницьку і Брацлавську єпархію було розділено на Вінницьку і Могилів-Подільську, з центром у м. Вінниця, та Тульчинську і Брацлавську з центром у м. Тульчин.

На 1 серпня 2008 р. у Вінницький єпархії налічувалося 399 парафій які окормляють 298 священнослужителів. Протягом двох орстанніх десятиліть Вінницька єпархія динамічно розвивається: зростає кількість парафій, відроджуються монастирі, відновлюються старі та будуються нові храми, відкриваються недільні школи, засновуються бібліотеки. Священики та миряни беруть активну участь у справах милосердя, просвітництва та виховання, поповнюючи духовну та культурну скарбницю нашого народу, започатковану у події Хрещення Київської Русі святим Рівноапостольним князем Володимиром.