История Православия на Красноярской земле началась в 1607 году, когда в поселении Новая Мангазея на Турухане (ныне село Туруханск) пришедшими на Енисей казаками была построена часовня во имя святителя Николая Чудотворца. До 1861 года приходы на Енисее в разные годы попеременно входили в состав Тобольской, Иркутской и Томской епархий.

Красноярская (Енисейская) епархия с выделением ее из состава Томской была учреждена Высочайшим Указом по представлению Святейшего Синода 25 мая 1861 года. На тот момент на канонической территории новообразованной епархии насчитывалось 232 храма, 3 мужских и 2 женских монастыря, 2 мужских и одно женское духовное училище. Клир епархии насчитывал 198 священников, 44 диакона и 221 псаломщика.

Вступивший в управление епархией 8 января 1862 года Преосвященный Никодим (Никита Иванович Казанцев, 1803—1874) ежегодно посещал все, включая отдаленные, приходы, заботился о сиротах духовного звания и церковнослужителях. Первый епископ Енисейский и Красноярский оставил уникальное литературное наследие; собранная им коллекция книг и рукописей была подарена библиотеке красноярского Богородице-Рождественского кафедрального собора и сохранилась до наших дней в Государственном архиве Красноярского края.

К 1917 году в епархии было 639 храмов, молитвенных домов и часовен (в том числе — 293 приходских церкви), 315 приходов, 5 действовавших с XVIII—XIX веков монастырей, две новые женские обители и несколько общежительных скитов, епархиальные образовательные, миссионерские, благотворительные учреждения, в т.ч. — не менее 207 церковно-приходских школ, православные общества, братства и т.д. В состав клира входили 311 священников, 39 диаконов, 310 псаломщиков.

После революционной смуты 1917 года, несмотря на массовые протесты со стороны верующих, начато закрытие домовых храмов, епархиальных учреждений и хозяйственных предприятий, конфискация монастырских земель. Летом 1918 года, когда новый режим временно пал, жизнь епархии возобновилась, но резко усилися «красный террор», начались преследования будущих новомучеников и исповедников Церкви Русской.

В январе 1920 года в Енисейской губернии окончательно установилась Советская власть. Массовый голод в стране послужил поводом для начала масштабной кампании по изъятию церковных ценностей в епархии весной и летом 1922 года. Часть приходов перешла к обновленцам. С осени 1922 г. нарушается регулярное управление епархией, большая часть сменявших друг друга архиереев управляли епархией временно или короткий срок, большинство из них было репрессировано.

К 1941 году на территории края не осталось ни одного действующего храма. Ссыльный святитель Лука (Войно-Ясенецкий) с осени 1941 г. работал в эвакогоспитале №1515 г. Красноярска, став центром притяжения всех православных сил региона. В декабре 1942 года он был назначен на Красноярскую кафедру и занимал ее до января 1944 г. В к. 1940-х гг. приходы края были включены на правах благочиния в состав Новосибирско-Барнаульской епархии.

К началу 1949 года в Красноярском крае было 19 действующих приходов. Но в к. 1950-х – н. 1960-х гг. вновь начали закрываться храмы, возобновились преследования клириков и мирян за их религиозные убеждения. Дальнейшее двадцатилетие (1965–1985 гг.) существования благочиния связано с именем красноярского благочинного архимандрита Нифонта (Николая Дмитриевича Глазова) — ветерана Великой Отечественной войны, кандидата богословия и смиренного монаха.

К 1988, году празднования 1000-летия Крещения Руси, на территории Красноярского края насчитывалось 11 действующих приходов (и 2 — на территории будущей Республики Хакасии). Возрождение епархии после семидесятилетнего периода атеистического безвременья начинается с ее воссоздания определением Поместного Собора 20 июля 1990 г.

В первом годовом отчете после восстановления Красноярской епархии вместо 32 храмов уже фигурирует цифра 68. К концу 1992 года на территории Кемеровской области было открыто более 50 приходов и женский монастырь в Кольчугино, что позволило выделить их в самостоятельную епархию решением Священного Синода 11 июня 1993 г. С увеличением приходов в Хакасии и она стала самостоятельной епархией 18 июля 1995 года.

В 1990—2010 гг. на берегах Енисея было восстановлено и построено 278 храмовых зданий, 3 мужских и 3 женских монастыря, созданы епархиальные учреждения и православные общественные организации, несколько православных гимназий и прогимназий, духовные хоры, епархиальная пресс-служба, начато осуществление церковно-общественных, социальных и издательских проектов.

Решением Священного Синода от 30 мая 2011 г. (журнал № 44) образована Енисейская епархия, с выделением ее из состава Красноярской епархии. 6 октября 2011 года в пределах Красноярского края была образована Красноярская митрополия, включающая в себя Красноярскую и Енисейскую епархии. Главой митрополии определено быть Красноярскому архиерею.

Решением Священного Синода от 27-28 декабря 2011 г. (журнал № 172) из приходов Красноярской епархии была выделена Канская епархия, которая также вошла в состав Красноярской митрополии.

Решением Священного Синода от 30 мая 2014 года (журнал № 37) в составе Красноярской митрополии из приходов Енисейской епархии была выделена Норильская епархия.

К настоящему времени в Красноярской епархии насчитывается 135 храмов, 44 часовни, 4 молитвенных дома, 41 богослужебное помещение при воинских частях, оздоровительных, учебных и иных заведениях, 3 монастыря (мужской и два женских).

Кафедральный храм Красноярской епархии — собор в честь Покрова Божией Матери г. Красноярска (ул. Сурикова, 26).

Главой Красноярской митрополии, Управляющим Красноярской епархией является с 5 октября 2011 года Высокопреосвященнейший Митрополит Красноярский и Ачинский Пантелеимон (Николай Васильевич Кутовой). Работу Епархиального управления возглавляет секретарь епархии, исполняющим обязанности которого является благочинный церквей города Красноярска, наместник красноярского Успенского мужского монастыря игумен Иннокентий (Нилов). Ежегодно священство епархии обсуждает насущные вопросы епархиальной жизни и деятельности на Епархиальных собраниях.