Образована решением Священного Синода от 5-6 октября 2011 г. (журнал № 106) путем выделения из состава Иркутской епархии. Правящему архиерею Синод постановил иметь титул «Саянский и Нижнеудинский». Также Синод постановил включить (журнал № 132) Саянскую епархию в состав Иркутской митрополии.
Объединяет приходы в административных границах Балаганского, Зиминского, Куйтунского, Нижнеудинского, Тайшетского, Тулунского и Чунского районов Иркутской области.